Destacan los expedientes:
- Serie civil 4/1886. El expediente versa sobre las diligencias para la adjudicación de terrenos luego de promulgada la Ley de Lotes Baldíos. Contiene versos y odas escritas por Guillermo Prieto y Juan Valle, así como un texto del presbítero y poeta Anastasio M. Ochoa.
- Serie civil 17/1889. Entre sus fojas se encuentra un mapa en buen estado de los ranchos Cañada de la Virgen y Picones, hoy zona arqueológica localizada a 16 km al suroeste de San Miguel de Allende.
- Serie de amparo, expediente 20 bis, 1891. Juicio promovido por Manuela López en favor de Urbano Villegas contra la sentencia de muerte dictada por la Cuarta Sala del Tribunal del Estado. El señor Narciso Muñoz, rico comerciante que se dedicaba también a la minería, mando asesinar al amante (Tomas Haler) de su amante, contrató a unas personas, entre ellas a Urbano Villegas, para cometer el asesinato; fue todo un escándalo social en la ciudad de Guanajuato por la importancia que tenía Narciso Muñoz en la élite de la ciudad.
- Juicio de amparo 88/1909. Solicitado por una madre que intenta salvar del servicio militar a su hijo, porque la autoridad no había realizado el sorteo correspondiente, lo que entonces era práctica muy común.
- Serie penal 58, 127 y 180 de 1911. Cándido Navarro, partidario de Francisco I. Madero y el más relevante revolucionario de esta región, fue comisionado para dirigir la campaña maderista en Guanajuato. En su lugar de origen organizó una gavilla con 40 hombres, entró ilegalmente al Mineral de la Luz y fue acusado de rebelión, y después saquea con su grupo oficinas de correos. Fue encarcelado por otras razones, y en prisión fue postulado para gobernador por el Partido Nacionalista Democrático, elección que pierde. En 1913 fue fusilado.
- Serie penal 13/1912. Dos acusados de difundir propaganda contra el gobierno fueron absueltos. El expediente contiene manifiestos a nombre de Emiliano Zapata y su ejército, el Plan de Mapaztlán de Ayutla y un periódico que contiene una nota sobre Cándido Navarro y sus propuestas para alcanzar la gubernatura de Guanajuato.
- Serie penal 92/1912. A la orden de dos procesados, 150 bandidos que se decían revolucionarios asaltaron un tren de carga que iba de Irapuato a Guadalajara, incendiaron tres puentes y mataron a un aprendiz de maquinista. Se remitió el proceso al juzgado, pero no se logró apresar a nadie. Los revolucionarios eran carrancistas.
- Serie penal 103/1912. Hipólito Méndez, partidario de Pascual Orozco, tenía reuniones clandestinas para rebelarse contra el gobierno. Pretendía levantarse en armas con otras 50 personas, ir a lugares cercanos y reunir más gente. Antes de la rebelión fue apresado al intimidar al jefe policiaco de San Francisco del Rincón. Fue absuelto por falta de pruebas.
- Serie penal 238/1918. Paula Parada y María Concepción Estrada fueron arrestadas en Pénjamo con 578 cartuchos y varias carabinas 30-30 que vendían a un bandolero. Una de ellas fue condenada a tres años de prisión, aunque sólo estuvo un año en la cárcel.
- Serie penal 114/1921. Severino, Rafael y Ramón Cruz fueron detenidos en Acámbaro por sospechas de querer iniciar una conspiración contra el gobierno. No se les comprobó el delito.
