Destacan los expedientes:
- Serie penal, 1860, Primer Juzgado Penal. Al procesado Filomeno Bravo se le encomendó matar a Benito Juárez, refugiado en Palacio de Gobierno durante su estancia en Jalisco. En el juicio intervinieron el jurista Ignacio L. Vallarta en su calidad de gobernador interino y como declarantes estuvieron Pedro Ogazón, Melchor Ocampo y Guillermo Prieto. Un dato peculiar es la declaración del procesado, quien no menciona la conocida e histórica frase, supuestamente dicha por Guillermo Prieto para salvar la vida de Juárez – ¡Alto, los valientes no asesinan! –; Bravo declara que, a pesar de habérsele encomendado el crimen, no lo concretó. Prieto agradeció por haber contrariado tal disposición. Se considera una versión diferente a la versión oficial.
- Serie amparo 1871, Primer Juzgado Penal. Una mujer promueve juicio de amparo en contra del jefe político de Guadalajara, quien la acusa de ser mujer pública. Después de la investigación se le concedió el amparo.
- Penal 1873, Primer Tribunal Unitario. Silverio Ramos es acusado de fomentar el levantamiento de varios pueblos indígenas a favor del plan del general Manuel Lozada. Se presentan escritos que incitaban al levantamiento de indígenas. Incluye fotografías.
- Serie amparo 1873, Primer Juzgado Penal. Promovido por el excoronel Ramón Suro que fue acusado de violar a una mujer y del asesinato del coronel Isaac Arreola; en juicio militar, el coronel Ramón Corona lo declara culpable y lo envía a prisión. El promovente pide el amparo de la justicia alegando que este asunto no es competencia de los tribunales militares sino del orden común, en consecuencia, cree violadas sus garantías conforme a los Artículos 13 y 14 constitucionales. En calidad de testigo, en el juicio comparece Ignacio L. Vallarta, entonces gobernador de Jalisco.
- Serie penal 1901, Primer Juzgado Penal. Trámite de extradición del ciudadano americano Russell B. Drake arrestado en Guadalajara por el delito de falsificación y circulación de un pagaré. Intervienen los presidentes de Estados Unidos y México en el proceso de extradición.
- Serie penal, 1904, Primer Juzgado Penal. Es un caso sobre expropiación de terrenos en la barranca de Oblatos, en la que se requerían predios de un particular en los que se construiría una planta de electricidad para abastecer de luz a Guadalajara, aprovechando el caudal del río Santiago. Incluye fotografías.
- Serie penal, 1913, Primer Juzgado Penal. Proceso contra Vicente Medina y Lucio y Julio Ibarra por el delito de rebelión. Contiene una proclama subversiva a favor de Venustiano Carranza lamentando la muerte de Francisco I. Madero –de quien hay fotos– y contra Victoriano Huerta. Incluye fotografías.
- Serie amparo, 1917, Primer Juzgado Penal. El quejoso Anacleto González Flores reclama arresto por movimiento cristero en Jalisco. Incluye temas sobre proselitismo religioso. Anacleto González Flores es uno de los mártires de Jalisco, dada su participación en la revolución cristera.
- Serie penal, 1924, Primer Juzgado Penal. Proceso contra Eladio Sauza por rebelión, pues se acusa al “capitalista” de proveer “dinero y elementos de guerra” a grupos militares que se rebelaron contra el gobierno del presidente Álvaro Obregón.
- Serie penal, 1927, Segundo Juzgado Penal. Es un caso instruido contra Rafael Lozano y Rosalío González por el delito de infracción de cultos. Contiene el escrito de un sacerdote de apellido Barragán, en el que detalla cómo debía realizarse el culto clandestino, pues las leyes vigentes prohibían la manifestación abierta de la religión.
- Serie penal, 1928, Segundo Juzgado Penal. Contra Luisa Bravo y otras por cometer infracciones a la Ley que Reforma el Código Penal en Materia de Cultos. Se levanta un acta el 17 de enero en la oficina del inspector general de la policía, manifestando que en la casa número 445 de la calle Analco se ejercía el culto católico. Luego de las etapas procesales correspondientes, el 11 de mayo de 1929, en apelación a una sentencia definitiva, se absuelve a la procesada por no demostrarse su culpabilidad; las otras presuntas culpables habían sido liberadas en sentencia anterior. Incluye una fotografía de la acusada.
- Serie penal, 1935, Primer Juzgado Penal. Proceso contra J. Concepción Galván, J. Jesús Pozos y ocho personas más, por los delitos de conspiración, rebelión y tentativa de homicidio. El asunto se refiere a un grupo de católicos que se manifiesta contra el recién formado Partido Nacional Revolucionario por fomentar una educación socialista hacia los niños, que señalan está plagada de inmoralidad. Incluye fotografías.
- Serie penal, 1936, Primer Juzgado Penal. Contiene un escrito que detalla las “Normas del Arzobispado para Sacerdotes”, sobre cómo actuar ante el gobierno por la persecución religiosa.
